Kartini tumbuh dengan melihat langsung bagaimana ibu kandungnya, Ngasirah (Christine Hakim) menjadi orang terbuang di rumahnya sendiri, dianggap pembantu hanya karena tidak mempunyai darah ningrat. Ayahnya, Raden Sosroningrat (Deddy Sutomo), yang mencintai Kartini dan keluarga juga tidak berdaya melawan tradisi.

Sepanjang hidupnya, Kartini memperjuangkan kesetaraan hak bagi semua orang, tidak peduli ningrat atau bukan, terutama hak pendidikan untuk perempuan. Bersama kedua saudarinya, Roekmini (Acha Septriasa) dan Kardinah (Ayushita Nugraha), Kartini mendirikan sekolah untuk kaum miskin dan menciptakan lapangan kerja untuk rakyat di Jepara dan sekitarnya. 

Film Kartini adalah perjuangan emosional dari sosok Kartini yang harus melawan tradisi dan bahkan menentang keluarganya sendiri untuk memperjuangkan kesetaraan hak untuk semua orang di Indonesia.